В човешкото тяло има около 30 трилиона човешки клетки, но нашият микробиом е приблизително 39 трилиона микробни клетки  (включващи бактерии, вируси, гъбички и др.), които живеят върху и в нас. Те са разположени в кожата, очите, белите дробове, устната кухина, червата, влагалището, матката и  отделителната система. Микроорганизмите са еволюирали заедно с хората и са неразделна част от живота, изпълнявайки редица жизненоважни функции. Докато всичко е в баланс с тях ние сме във взаимна полза, т.нар. симбиоза. Когато този баланс се наруши и, например, един вид бактерии се пренасели, това  довежда до  здравословен проблем.

С най-голямо количество микроорганизми  в човешкото тяло са  червата. Стомашно-чревният тракт съдържа огромна „колекция от микроорганизми (бактерии, археи, гъбички, вируси и др.), които играят важна роля в чревната хомеостаза, помагайки за поддържането на здравето на стомашно-чревната система и други системи (имунна система, мозък). Комбинацията от различните микроорганизми в червата се нарича със сборното име микробиота, което в България е популярно като чревна флора. А съвкупността от генната информация, която те носят, се нарича микробиом. Изследването, което показва кои и колко са микроорганизмите в червата, се извършва чрез генетичен анализ и затова се нарича чревен микробиом.

Човешкият микробиом оказва влияние върху следните четири важни области от значение за здравето на човека:

  • Хранене
  • Имунна система
  • Поведение
  • Заболявания

Те са замесени както в здравето, така и в болестите и изследванията са открили връзки между бактериалните популации, независимо дали са нормални или нарушени, и следните заболявания:

  • Ентерит и колит (възпаления на чревната лигавица) и дисбактериоза
  • Функционални състояния на стомашно-чревен тракт ( синдром на раздразнено черво, функционална диспепсия, чревна хиперсензитивност, реакции на сензитивност към храни,  констипация и др.)
  • Затлъстяване
  • Захарен диабет тип 2
  • Злокачествени състояния
  • Тревожност и депресия
  • Аутизъм
  • Екзема
  • Алергии  ( сезонни и др.)
  • Множествена склероза